Kapela svetega Andreja stoji nasproti kapele Svete Trojice in je poslikana s prizori iz svetnikovega življenja. Manjši sliki pod obokom (v lunetah), dva prizora iz Janezovega evangelija. Na levi zgoraj vidimo Andreja v družbi z Janezom Krstnikom, ki na mimoidočega Jezusa kaže z besedami: »Glejte Jagnje Božje«, Jezus pa stoji blizu hiše in ju vabi k sebi. Andrej gre za njim, drugi dan pa pripelje še svojega brata Simona. Prizor na desni zgoraj prikazuje trenutek, ko ga predstavlja Jezusu: Andrej z roko kaže na Simona, ki v napol pokleku z desnico na prsih in iztegnjeno levico izraža svoje spoštovanje. Jezus s slovesno dvignjeno desnico upira svoj pogled vanj in izreka pomenljive besede: »Ti si Simon, Janezov Sin. Imenoval se boš Kefa«.
Jezus pokliče Andreja. Spodnji del poslikave na desni strani kapele prikazuje prizor iz Matejevega evangelija, kako Jezus ob Galilejskem jezeru zagleda brata Simona Petra in Andreja: »Ko je hodil ob Galilejskem morju, je zagledal dva brata: Simona, ki se je imenoval Peter, in Andreja, njegovega brata. Metala sta mrežo v morje; bila sta namreč ribiča. Rekel jima je: ‘Hodita za menoj in naredil vaju bom za ribiča ljudi.’ Takoj sta pustila mreže in šla za njim.« (Mt. 4, 18-20). Prikazana sta v trenutku, ko odvržeta mreže in stopita iz čolna. Andrej je že na obali in steguje roke k Jezusu, ki ga sprejema razširjenih rok; Peter pa se z eno roko še drži čolna, iz katerega izstopa, ter gleda Jezusa.
Mučeniška smrt. Prizor na levi pa prikazuje Andrejevo mučeniško smrt. Na stara leta je Andrej kot škof živel v Patrasu. Tu ga je okoli leta 60 prokonzul Ageas obsodil na bičanje in smrt na poševno postavljenem križu v obliki črke X, ker ni hotel darovati poganskim bogovom. Quaglio oz. njegovi pomočniki so prizorišče naslikali nekoliko dvignjeno nad okolico (pod njim vidimo množico in vojake s sulicami, stražarje). Rablja Andreja pravkar privezujeta na križ, on pa ima pogled uprt v nebo. Prizor dopolnjujeta še vojak na konju z zastavo in mož v turbanu s prekrižanimi rokami v zavihku plašča, ki očitno nadzorujeta dogajanje.
Andrejeva »apoteoza« (poveličanje). Na osrednjem polju stropa je upodobljen prizor, kako je Andrej, oklepajoč se svojega križa, z veliko slavo sprejet v nebesa. Tja ga na oboku dvigajo angeli: dva krepka mladeniča »pomagata« dvema manjšima dečkoma. Oblak, na katerem ga nesejo, se je spustil pod obok in tako skupaj s poletavajočimi angeli v vogalnih poljih prepričljivo ustvarja vtis globine. Na ločnem pasu se jim pridružita še dva »instrumentalista«: eden igra na kornet, drugi pa na violon (violina) ter tako z glasbo spremljata svetnikovo poveličanje. Ob vhodu v kapelo sta, kot par onima v nasprotni kapeli, naslikana Mojzes (par Aronu) in kralj Salomon (par Davidu). Mojzes z žarki vrh čela drži v rokah tabli postave in palico, s katero je razdelil vode in privabil vodo iz skale, Salomon pa ima krono, žezlo in knjigo (kot soavtor Svetega pisma).
Oltar je bil sprva posvečen naslovnemu patronu kapele sv. Andreju, tega pa je pozneje izpodrinil sv. Janez Nepomuk, čigar češčenje se je po kanonizaciji leta 1729 močno razmahnilo. Prvotno oltarno podobo je naslikal Valentin Metzinger. To je bila slika, ki je sedaj v cerkvi na Hruševem pri Dobrovi, za katero pa je bil oltarni nastavek, sodeč po njeni velikosti, le okvir zanjo. Metzingerjeva slika poveličanja sv. Janeza Nepomuka je iz leta 1749. Predstavlja na oblakih klečečega svetnika, ki ga dva angelska mladeniča dvigata v nebo, medtem ko manjši puti drže atribute, ki spominjajo na njegovo molčečnost, mučeniško smrt in doseženo zmago, spodaj na zemlji pa je prikazan most čez Vltavo in čudežni zvezdni venec na njenih valovih. Na oltarni menzi je Nepomuku delal družbo Metzingerjev umirajoči sv. Frančišek Ksaver, umeščen v rezljan kartušast okvir. Leta 1852 je kipar Matija Tomc prvotni baročni nastavek nadomestil z novim iz marmoriranega lesa. Po obliki in barvi ga je skušal približati kamnitemu oltarju Sv. Trojice v kapeli nasproti, s tem, da je opustil bogati okras menze in okoli oltarne slike ter angela na volutah ogredja, poenostavil pa je tudi atiko, ki jo je okrasil s klasicističnim ovalnim vencem, v katerem na oblaku žari podoba znamenite relikvije, Nepomukovega nestrohnjenega jezika. Na podstavka ob stebrih je postavil kipa, ki ju je izdelal precej togo in hladno. Na levi vidimo sv. Andreja, ki se je kot prvotni zavetnik oltarja Janezu Nepomuku umaknil na stran, na desni pa Janeza Evangelista, ki kot Nepomukov soimenjak pogosto nastopa na njegovih oltarjih. Na novem oltarju je leta 1852 dobila prostor tudi nova slika poveličanja sv. Janeza Nepomuka. Matevž Langus je v glavnih potezah posnel Metzingerjevo kompozicijo, vendar je zmanjšal število glavnih akterjev in baročno dinamiko močno utišal, zato je angele umiril, svetniku pa strogo poravnal gube roketa in zavihke mocete. Nepomuk kleči na oblaku, asistirata mu angela, eden z lilijo in molk zapovedujočim gibom, drugi s palmovo vejo, ki pa se ne trudita več z nošenjem svetnika v nebo. Dejaven je ostal le poletavajoči puto, ki svetniku z neba prinaša mučeniški venec. Langus je obdržal tudi krajino z mostom čez Vltavo, dopolnil pa jo je s prizorom mučeništvain prikazal vojake, ki so vrgli Janeza Nepomuka v reko. Na oltarni menzi je sedaj slika Srca Marijinega, delo Josefa Planka iz leta 1870 (podobno kot slika Srca Jezusovega v nasprotni kapeli Sv. Trojice).