Pred uvedbo bogoslužja v novi stolnici leta 1706 je Quaglio kapele le zasilno okrasil s poslikavo oltarnih ozadij: štiri sprednje kapele s puti, ki držijo vijoličasto draperijo (nabrano zaveso), v zadnjih dveh kapelah, Barbarini in Magdalenini, pa je naslikal še podstavke in kipe. Stene in oboke pa je okrasil s freskami šele v letih 1721–1723, skupaj s sinom Raffaelom in drugimi pomočniki, kar se vidi tudi v drugačni kvaliteti. Kapela Svete Trojice. Kapelo krasijo prizori, ki simbolično predstavljajo skrivnost Svete Trojice. Na obeh večjih stenah, levo in desno, je upodobljena starozavezna zgodba iz življenja očaka Abrahama, ki jo cerkveni očetje razlagajo kot razodetje treh Božjih oseb. Prizor na desni tako prikazuje, kako Ambraham pri Mamrejevih hrastih s priklonom in gostoljubno gesto pozdravi tri može (angele), ki hkrati nakazujejo Božje trojstvo in edinost, kakor pravi sv. Avguštin: »Tri je videl in enega je častil.« Ti mu napovedo rojstvo sina, v katerem se bo izpolnila Božja obljuba o številnem potomstvu, in to kljub temu, sta bila oba z ženo Saro »stara, že zelo v letih« (prim. 1 Mz 18,1-15). Prizor na levi pa prikazuje angele, ki se, sede za mizo, pogovarjajo z Abrahamom, medtem ko jim ta na pladnju prinaša hrano, žena Sara pa nejeverno posluša prerokbo za vrati njune hiše.
Manjši sliki pod obokom, nad obema večjima prizoroma, pripovedujeta dva dogodka iz življenja preroka Elija, ki ju lahko razumemo tudi kot predpodobo evharistije. Na levi strani ga vidimo ob potoku Keritu, kamor se je na Gospodov ukaz skril. Kralju Ahabu, ki je »delal, kar je hudo v Gospodovih očeh« (1 Kr 16,30), je namreč prerokoval dolgotrajno sušo v deželi, kot kazen za uvedbo Baalovega češčenja. Da bi ga zavaroval pred kraljevim maščevanjem, mu Gospod naroči: »Pojdi od tod, kreni na vzhod in se skrij ob potoku Kerit, ki je vzhodno od Jordana! Iz potoka boš pil in krokarjem sem zapovedal, da te bodo tam hranili« (1 Kr 17,3-4). Nekaj časa je tako tam bival, krokarji so mu prinašali kruh in meso zjutraj in zvečer, iz potoka pa si je gasil žejo. Na prizoru ga vidimo, kako po dolgi poti sede počiva in si z utrujenih nog sezuva obuvalo. Prizor na desni strani pa se odvija precej kasneje, ko je Elija zopet na begu, a tokrat pred kraljico Jezabelo, ki mu streže po življenju zaradi uničenja Baalovih prerokov. Da bi se rešil, zbeži dan hoda v puščavo in »sede pod samotno bodičevje. Želel si je smrt in rekel: ‘Dovolj je; zdaj, Gospod, vzemi moje življenje, saj nisem boljši kakor moji očetje.’ Legel je in zaspal pod bodičevjem. A glej, dotaknil se ga je angel in mu rekel: ‘Vstani in jej!’ Ozrl se je in glej, pri njegovem vzglavju je bil hlebček na vročem kamenju pečenega kruha in vrč vode« (1 Kr 19, 4b-6). Slikar ga je naslikal v trenutku, ko napol leže steguje roko k angelu, ki z levico drži kruh, z desnico pa kaže, da bo treba oditi na pot.
Na oboku kapele je Quaglio upodobil sanje očaka Jakoba. V njih zre skrivnostne, do neba segajoče stopnice (ali lestev), po katerih se vzpenjajo in spuščajo angeli; na vrhu stopnic, ki se končujejo v oblakih, pa je podoba Boga Očeta s trikotnikom. Jakobova zgodba se »začne« v 25. poglavju prve Mojzesove knjige, ko Izak od Boga izprosi potomstvo. Njegova žena Rebeka rodi dvojčka, Ezava in Jakoba. Potem, ko Jakob z zvijačo dobi očetov blagoslov, ga ta pošlje na pot v Mezopotamijo, da si tam poišče ženo. Na poti iz domačega kraja se nekoč ustavi na nekem kraju in tam prenoči. Angeli, ki se spuščajo in dvigajo po lestvi, ponazarjajo dejavno in premišljajoče življenje ter povezavo med nebom in zemljo, s čimer je simbolično nakazana tudi Kristusova posredniška vloga. V obeh trikotnih vdolbinah (sosvodnicah) oboka – levo in desno – v okrašenih okvirih (kartušah) sedita dve mladenki, ki predstavljata Božjo milost (Gratia divina) in molitev (Oratio).
Oltar Sv. Trojice, izklesan iz raznobarvnega marmorja, je dal postaviti ljubljanski trgovec in fužinar Peter Anton Codelli. Leta 1711 ga je izdelal goriški kamnosek Pasquale Lazzarini, kiparski okras pa so prispevali Angelo Putti iz Padove, čigar delo naj bi bile angelske glavice in reliefi dveh putov nad nišo, ter Benečana brata Paolo in Giuseppe Groppelli, ki sta dodala štiri pute v atiki in dva velika angela ob stebrih. Slednja nista več na svojem mestu, ker so ju leta 1944 prestavili na oltar Marije Pomagaj (sv. Dizme). Nadomestili so ju z lesenima angeloma, ki sta premajhna in zato v nesorazmerju z oltarnim nastavkom; da sta prvotno stala ob podobi Marije Pomagaj, pričata trakova z napisoma »Pribežališče grešnikov« in »Tolažnica žalostnih«, ki ju držita v rokah. Ob niši oltarnega nastavka sta na vsaki strani po dva pilastra (polstebra), pred njima pa stoji steber, ki je le rahlo pomaknjen naprej. V atiki (zgornjem delu, zaključku oltarja) je na sredi Codellijev znak. Sliko Sv. Trojice je Codelli naročil pri beneškem slikarju Nicoloju Bambiniju in dal ob Sveti Trojici upodobiti tudi svoje svetniške zavetnike: Petra, Antona Padovanskega, Janeza Krstnika in Janeza Evangelista. Leta 1834 je to baročno umetnino izpodrinila slika Matevža Langusa, ki je reducirana na prizor Marijinega kronanja. Langus je Sveto Trojico, Boga Očeta, Sina in Svetega Duha, poudaril z velikim enakostraničnim trikotnikom, ki kot skupni nimb povezuje Božje osebe, obdaja pa ga množica malih krilatcev. V trikotno kompozicijo je združil tudi figuralno skupino, katere spodnji kot predstavlja Marija, ki jo Oče in Sin, sedeča na gmoti oblakov, kronata z zvezdnim vencem. Namesto Kristusa tokrat njegov križ drži angel v levem spodnjem vogalu: na prečnem tramu križa je Langusov podpis z datacijo.