PREZBITERIJ
OLTARNA SLIKA SV. NIKOLAJA
Slika je delo beneškega slikarja Pietra Liberija (ok. 1674). Okvir slike je iz pozlačene medenine, obrobljen z marmorjem.
STROPNA SLIKA
Predstavlja zgodbo ustanovitve ljubljanske škofije. Sv. Nikolaj se med obleganjem Celja prikaže spečemu cesarju Frideriku III. in ga svari pred zalezovanjem vdove grofa Ulrika Celjskega in Iana Vitovca. Na sliki na desni strani sprejema ljubljanski škof Žiga pl. Lamberg iz cesarjevih rok ustanovno listino škofije, na levi sliki pa mu papež Pij II. izroča bulo, s katero ga potrjuje za škofa. Sliki na obeh straneh okna predstavljata Ogenj božje ljubezni in Versko gorečnost, pod njima pa sta alegoriji Hrepenenja in Čuječnosti.
OLTAR SV. REŠNJEGA TELESA IN SLIKE NAD NJIM
Oltarna podoba nad oltarjem sv. Rešnjega telesa, ki predstavlja poklonitev sv. Treh kraljev, je delo Mateja Langusa. Na oltarni mizi stoji s srebrnimi ploščami obloženi in delno pozlačeni tabernakelj; ob njem klečita dva čudovita keruba iz kararskega marmorja; izklesal ju je odlični umetnik, ki je postal pojem za naš baročni kiparski vrh, FRANC ROBBA (1698-1757).
Na stropu nad oltarjem je Quaglieva alegorija Vere, ob oknu pa prispodobi Ljubezni in Upanja. Obe freski levo in desno od stropne slike predstavljata cesarja Rudolfa, ki daruje konja duhovniku, in Maksimilijana, ki je na lovu zašel V Martinovi steni nad Innsbruckom in prosi, naj mu dajo blagoslov s sv. Rešnjim telesom.
OLTAR BREZJANSKE MATERE BOŽJE IN SLIKA NAD NJIM
Quaglieva je tudi oltarna slika na desni strani rotunde pod kupolo nad oltarjem brezjanske Matere božje. Prikazuje Kristusa V predpeklu, kjer tolaži duše in jim obljublja odrešenje: V ospredju slike je sv. Dizma s križem. Na stropu je upodobljeno Dizmovo vnebovzetje, na levi strani njegovo križanje, na desni pa beg sv. Družine v Egipt. Okno obdajata podobi Pokore in Nedolžnosti.
Oltar je ustanovila bratovščina smrtne tesnobe, ki je skrbela za dušni blagor in pokop na smrt obsojenih. Na oltarni mizi je na mestu sedanje podobe, ki jo je naredil l. 1944 akad. slikar Riko Debenjak po sliki brezjanske Matere božje, stal prvotno lesen tabernakelj (njegov nastavek je krasila slika Marije Pomagaj, delo klasicista Andreja Herrleina iz Wiirzburga (1739-1817), ki je bil risarski učitelj).
V lesenih skrinjah na levi in desni strani tabernaklja so hranili relikvije sv. Valerije in sv. Vitalisa, ki godujeta na dan 8. junija. Sedanji okvir brezjanske Matere božje je izdelal rezbar Bergant iz Kamnika.
ROTUNDA POD KUPOLO
Pod pandantivi kupole je Quaglio naslikal štiri evangeliste Mateja, Marka, Luka in Janeza, pod njimi grbe papeža Pija II., cesarja Friderika III., škofov Žiga grofa Herbersteina in Ferdinanda grofa Kuenburga ter štiri alegorične figure, ki predstavljajo Pravičnost, Pogumnost, Modrost in Zmernost.
Nad desnimi vrati, ki vodijo v glavno zakristijo, je slika sv. Ambroža na nasprotni strani pa sv. Avguština. Nad vhodom v levo, stransko zakristijo je upodobljen sv. Gregor Veliki, njemu nasproti pa sv. Hieronim – štirje cerkveni učitelji.
V vdolbinah rotunde so pod kupolo zbrani emonski škofje Maximus, Florius, Castus in Gennadius; kipe je po naročilu škofa Franca Karla pl. Kaunitza l. 1713 izdelal padovanski mojster ANGELO POZZO, predstavnik benečanske smeri težkega baročnega sloga, ki ga je pri nas premagal Robba. Na stenah nasproti vhodoma v zakristijo je na desni strani rotunde poprsje graditelja sedanje ljubljanske stolnice Janeza Antona Dolničarja, na levi pa škofa Antona Alojzija Wolfa, ki ga je izklesal kipar France Zajec (1820-1888), naš prvi podobar, ki sta ga sprejeli dunajska in münchenska akademija.
LANGUSOVE FRESKE V KUPOLI
Freske v kupoli je naslikal domači umetnik MATEJ LANGUS (1792-1855) in si z njimi pridobil ime zadnjega slovenskega barokista, dasi je njegov iluzionizem Že truden in se nam zdi, kot bi se ne mogel odtrgati od zemlje.
Zgoraj na stropu svetlobnice plava Sv. Duh, ki ga obdajajo glave angelov. Rob nosijo pozlačeni kandelabri, ki izpolnjujejo pro-stor med okni in svetlobnico. Vdolbine so okrašene z ornamenti na zlatem ozadju. Pod kandelabri je podzidek, ki ga nosijo angeli iz belega marmorja. Ves zgornji del kupole je okrašen z zlatimi ornamenti v bizantinskem slogu, ves obok, ki počiva na šestnajstih rebrih, pa je svetlozelenkaste barve.
Ob pogledu na kupolo od glavnega vhoda se oko ustavi na osrednji skupini Marijinega kronanja. Pod njo je cerkveni patron sv. Nikolaj, na njegovi desni Janez Krstnik, ob njegovem vznožju alegorija Kranjske in njej nasproti alegorija Emone.
Nad Emono stoji sv. Jožef, ob njem sv. Neža, nad njo pa je velika skupina sv. Mohorja in Fortunata s številnimi angeli. Nekoliko vstran stopa sv. Jurij na zmajevo glavo. Na njegovi levici je sv. Terezija, desno poleg sv. Janeza pa sv. Valerija, nad katero kleči puščavnik sv. Vitalis.
Desno pod škofom Martinom je v Ljubljani rojeni mučenec Pelagius. Nasproti Marijinega kronanja vidimo sv. Ahacija, poleg njega in pod njim pa podobi sv. Karla Boromejskega in Antona Padovanskega.
Ob poslikavi kupole je Langus preslikal Quaglieve evangeliste pod njenimi pandantivi.
STROPNE FRESKE V LADJI
Quaglieva stropna freska v cerkveni ladji kaže poveličanje sv. Nikolaja in pripoveduje o preganjanju kristjanov pod Neronom in Dioklecijanom. Stene med okni izpolnjujejo podobe dvanajstih apostolov, ki so delo istega avtorja, prav tako kot razni svetniki in glavnim grehom nasprotne kreposti, ki so razvrščene tako, da so pri oratorijih Ponižnost, Plemenitost in Čistost, nad kapelami pa nad prvo Čuječnost in Molitev, nad drugo Ljubezen do Boga in kreposti, nad tretjo Čistost srca in Krotkost, nad četrto Usmiljenje in Dobrodelnost, nad peto Treznost in Zaničevanje posvetnega, nad šesto pa Poštenost in Molčljivost.