Vse od ustanovitve ljubljanske škofije leta 1461 je v stolnici prisotna tudi glasba. Kmalu potem, ko je bila cerkev sv. Nikolaja povzdignjena v stolnico, so vanjo najverjetneje postavili tudi orgle. Dr. Josip Gruden je po arhivskih virih leta 1915 spisal študijo Šola pri sv. Nikolaju in ljubljansko nižje šolstvo po reformacijski dobi. Ko govori o začetnih bogoslužjih v tedanji novi stolnici pravi: »Tudi bogoslužje je bilo sijajnejše […] in neki vnanji izraz nove dobe, ki je napočila šentklavški pevski šoli, nam je poročilo, a je dal škof Sigismung Lamberg v stolnici napraviti orgle.« Prav tako kanonik Mihael Hasiber v pismu z dne 9. avgusta 1548 sporoča škofu Urbanu Textorju v Gornji Grad, da je neki redovnik, ki se imenuje Michael, na pozitivu dobro igral koral. Leta 1550 dobi stolna cerkev nove, večje orgle, ki jih je izdelal Michael Theisspacher iz Muraua na avstrijskem Štajerskem.

Leta 1597 je postal  ljubljanski škof Tomaž Hren. Iz Gradca, kjer je kot namestnik deželnega glavarja služboval med leti 1614 in 1621, je dobil v dar korne knjige z mnogimi glasbenimi deli, danes ohranjenimi le v tem viru. Sklepamo lahko, da so tovrstne skladbe izvajali tudi pri bogoslužjih v ljubljanski stolnici. Ob umestitvi prošta Andreja Kralja leta 1611 je škof Hren poročal, da so izvedli v Ljubljani komaj kdaj slišano glasbo za dvoje orgel, dva zbora, trobente in pavke. Istega leta so iz zvonika prenesli na stolp ljubljanskega gradu t.i. orgelski rog. Podoba tega instrumenta je, na Valvasorjem bakrorezu »Veduta Ljubljane«, po doslej znanih podatkih najstarejša upodobitev orgel v Sloveniji.

Stolno cerkev sv. Nikolaja v Ljubljani je v sedanji obliki načrtoval jezuitski arhitekt Andrea Pozzo (1642–1709). Zidali so jo v letih 1701–1706, posvetili pa 8. maja 1707. Kmalu zatem so na kor nad stranskim vhodom postavili tudi nove orgle, ki jih je izdelal beneški orglar Osvaldo Carloni.

Leta 1710 je ljubljanski mizar Janez Pergman v stolnici izdelal prižnico, balkona in orgelski omari. Enotnost petih elementov je enkraten primer v zgodovini orglarstva. V orgelsko omaro na južni strani so takoj prestavili Carlonijeve orgle, ki pa so jih kasneje, verjetno sredi 19. stoletja, odstranili. Glede na pismo, ki ga je dekan Dolničar pisal škofu Kuenburgu, so v orgelsko omaro nad prižnico leta 1710 postavljali nove orgle ljubljanskega orglarja Andreja Sebastjana Wallensteinerja. Te orgle verjetno niso bile kakovosten izdelek, saj jih je leta 1739 predelal in obnovil Janez Frančišek Janeček (ok. 1697–1778), ki je pet let pred tem izdelal nove orgle na velikem koru. Obe glasbili na stranskih korih je v devetdesetih letih 20. stoletja rekonstruirala Škofijska orglarska delavnica iz Maribora.

Ljubljanska stolnica prvotno ni imela glavnega kora na zahodni strani. Tega so dozidali leta 1730 in Janeček štiri leta za tem tam postavil nov instrument. Zvočna zasnova je bila značilna za takratno češko orglarsko šolo, iz katere je Janeček izšel. Orgle so imele 22 oz. 23 registrov na dveh manualih in pedalu, razporejenih v treh omarah. Več o Janečkovih orglah izvemo iz dveh opisov orglarja Frančiška Ksaverja Križmana (1726 – 1795), ki je leta 1762 na stolni kor postavil nove enomanualne orgle v italijanskem slogu z 32 registri v italijanskem slogu. Pri tem je povečal srednjo omaro, v kateri je bil prej pozitiv. Tako so orgle dobile 16-čeveljsko pročelje. Že leta 1780 je ljubljanski orglar Janez Jurij Eisl (1708? – 1780)  poslal ljubljanskemu ordinariatu ponudbo za nove orgle, katere je imel namen izdelati po dokončanju orgel pri Sv. Jakobu v Ljubljani. Eisl je pred tem umrl, njegovo delavnico pa je prevzel Jožef Kučera (1755–1826) in leta 1781 za stolnico izdelal nove orgle.

Leta 1830 je orglar Johann Gottfried Kunath (1787 – pred 1859) srednjo omaro glavnih orgel pomaknil proti steni in pri tem na novo izdelal sprednji, zadnji in spodnji del. Ojačal in popravil je tudi stranski omari in v tako preurejene omare postavil nove orgle. Te je leta 1860 povečal in temeljiteje predelal Ferdinand Malahovski (1813 – 1887). V tistem času so, s 34 registri na dveh manualih in pedalu, to bile največje orgle pri nas.

V letu 1906 je Jožef Smrekar v osmih številkah Cerkvenega glasbenika objavil Spomenico o orglah ljubljanske stolnice. Smrekar natančno opisuje do tedaj znano zgodovino orgel ljubljanske stolnice in njihove težave ter pomanjkljivosti gradnje stolnega kora. Razmerje med prostornino cerkve in številom orgelskih registrov primerja z večjimi tujimi cerkvami. Razpravlja o potrebni oziroma minimalni kvadraturi, ki jo potrebuje posamezen register in izpostavi splošno pomanjkanje prostora na koru ljubljanske stolnice. Temu sledi razprava o različnih možnostih dobave zraka ter tedanji novosti v našem prostoru, električnem ventilatorju. Predstavi svoj predlog dispozicije, menzuriranja posameznih registrov in njihovo intonacijo. Dotakne se problematike sapnih pritiskov in njihovega vpliva na zvočnost inštrumenta. Razpravo o materialih, trakturi in sistemu sapnic novih orgel obelodani v zaključku in postavi vprašanje o izbiri in kompetencah orglarja, ki mu bo zaupana izdelava orgel.

Leta 1911 je Ivan Milavec (1874 – 1915) v stare baročne omare postavil orgle z 52 registri na treh manualih in pedalu kot svoje 26. in hkrati največje delo. Dokaj uspešno se je spopadel z vlago na stolnem koru, s preperelostjo starih baročnih omar, o kateri je Franc pa predvsem opazka, da je pedal pretih in preveč zaprt v stranskih orgelskih omarah. Zadnji pisni podatek o vzdrževalnih delih na stolnih orglah zasledimo v Cerkvenem glasbeniku leta 1931 (CG 1931-3/4, str. 57–59). Takrat so orgle temeljito izprašili, očistili in uglasili. Delo je izvršil orglarski mojster Franc Jenko (1894–1968).

Luka Posavec